Indikacije za MR pregled srca su u stalnom porastu. Najvažnije među njima su:
1. Bolest koronarnih krvnih sudova
2. Kardiomiopatije
3. Srčane i mase perikarda
4. Bolesti perikarda
5. Oboljenja srčanih valvula
U komparaciji sa drugim, neinvazivnim radiološkim metodama kao što su ultrazvuk (UZ) i kompjuterizovana tomografija (CT), prednost magnetne rezonace je u odsustvu štetnog jonizujućeg zračenja, mogućnosti pregleda trudnica i male dece, odsustva štetnog dejstva kontrastnog sredstva, proceni globalne i regionalne kontraktilne funkcije srca. Sa druge strane, MR pregled srca zahteva od pacijenta saradnju prilikom pregleda jer traje duže u odnosu na pregled CT-om.
Pacijenti sa ugrađenim pejsmejkerom, okularnim i kohlearnim implantima, metalnim stranim telima kao i kalustrofobični pacijenti ne mogu se pregledati magnetnom rezonancom (pejsmejkeri nove generacije dozvoljavaju ovaj pregled, ali pacijent mora imati adekvatnu medicinsku dokumetaciju kod sebe).
Zbog manje prostorne rezolucije u odnsu na CT, MR nije metoda izbora u evaluaciji koronarnih krvnih sudova).