Pregled magnetnom rezonancom se smatra bezbednim i za više decenija primene nisu ustanovljeni negativni biološki efekti bilo koje od komponenti MR uređaja (statičko magnetno polje, gradijenti magnetnog polja, radiofrekventno elektromagnetno zračenje). Mogu se pregledati trudnice i fetusi nakon 18. nedelje gestacije, kada je završen najkritičniji period organogeneze. Predostrožnost je neophodna kod primene gadolinijumskog kontrastnog sredstva zato što postoji potencijalni rizik od deponovanja gadolinijuma u organizmu. Neophodno je ograničiti primenu kontrastnog sredstva na okolnisti kada je ono neophodno da bi se dobila potpuna dijagnostička informacija, što posebno treba imati u vidu kada se pacijent podvrgava seriji pregleda magnetnom rezonancom. Generalno, teži se primeni najbezbednijeg komercijalno dostupnog gadolinijumskog kontrastnog sredstva, kontrastno sredstvo se aplicira samo kod pacijenata čiji klinički status to dozvoljava, u okolnostima kada je to radiološki opravdano. Pregled magnetnom rezonancom je kontraindikovan kod pacijenata sa: pejsmejkerom inkompatibilnim sa magnetnim poljem i prisustvom metala u telu (šrapneli, geleri, opiljci, stare ortopedske proteze). MR pregled, kao i interpretacija slika, može biti otežan prisustvom različitih metalnih implanta (zubne proteze i navlake, ortopedski implanti, kopče i žice) zbog pojave artefakata na slikama. Uznemirene i klaustrofobične osobe mogu se sedirati ili/i anestezirati. Anestezija u toku MR pregleda se realizuje preko posebne opreme kompatibilne sa magnetnim poljem.